玅境長老於一九九六年創辦法雲寺佛學院的教育理念就是：願諸僧眾們出生死苦海、入大乘彼岸。學院安排的課程一方面是學習經教：唯識系的《瑜伽師地論》《攝大乘論》等，中觀系的《大智度論》《大般若經》等，真常系的《涅槃經》等。另一方面是禪修靜坐：以《瑜伽師地論》《釋禪波羅密》的止觀為主。
目前學院教理的主脈仍是聆聽玅境长老當年為南北院學生宣講《瑜伽師地論‧本地分》的內容，行者至少要下十年的功夫，才能善巧通達論主彌勒菩薩安立如是次第的必要性，經由淬鍊的文義揀擇，進而能掌握修行的要旨和方向，期能化《瑜伽師地論》的精華成為行者的骨與髓，而不是限於唯獨為人開講。在這個大原則下，必需要安排止觀的課程；每年上、下學期各有一個月的禪修，雙月多有禪七。禪修期間會聽講：《維摩詰經》、《解深密經》、《阿含經》、《摩訶般若波羅密經》、《法華經》、及《金剛經》等。
歡迎您來法雲禪寺禪學院學習經教和禪修止觀。
法雲禪寺禪學院 例常禪修功課表
| 午前 | 午後 | ||
| 4:45 | 起板扣锺 | 2:00 | 打板 |
| 5:00 – 6:05 | 第一支香 | 2:15 – 3:15 | 第四支香 |
| 6:30 – 7:00 | 早齋 | 3:15 – 3:45 | 經行 |
| 7:45 | 打板 | 3:45 – 4:45 | 第五支香 |
| 8:00 – 9:00 | 第二支香 | 5:45 | 打板 |
| 9:00 – 9:30 | 經行 | 6:00 – 7:00 | 聽經 |
| 9:30 – 10:40 | 第三支香 | 7:15 – 8:00 | 第六支香 |
| 11:00 | 午齋 | 8:45 | 晚扣锺 |
| 12:00 – 2:00 | 午休 | 9:00 | 安板 |
大殿听课
金剛經唱誦